Όργανα διοικήσεως του Διεπιστημονικού Κέντρου είναι:
- Η Γενική Συνέλευση, που αποτελεί και την ανώτατη αρχή για τη χάραξη της καθόλου πολιτικής του Κέντρου και αποτελείται από τα τακτικά μέλη.
- Το Διοικητικό Συμβούλιο, εκλέγεται από τη Γενική Συνέλευση με τριετή θητεία Αποτελείται από 9 τακτικά μέλη και 4 αναπληρωματικά. Τα 9 αυτά μέλη είναι ο Πρόεδρος, 2 Αντιπρόεδροι, ο Γενικός Γραμματεύς, ο Αναπληρωτής Γενικός Γραμματεύς, ο Ταμίας, ο Ειδικός Γραμματεύς, ο Αναπληρωτής Ειδικός Γραμματεύς και ο Έφορος Δημοσίων Σχέσεων.
Διοικητικό Συμβούλιο
Πρόεδρος: Φιλιππίδης Ηλίας
Α’ Αντιπρόεδρος: Κωστόπουλος Νικόλαος
Β’ Αντιπρόεδρος: Ζιώγας Χρήστος
Γενικός Γραμματέας: Σαρατσιώτη Ξένια
Ταμίας: Γεωργούλης Σταμάτης
Αναπληρωτής Γραμματέας: Γιαννουλόπουλος Ανδρέας
Ειδικός Γραμματέας: Σιώρος Θεμιστοκλής
Αναπληρωτής Ταμίας: Πέττας Νεκτάριος
Έφορος Δημοσίων Σχέσεων: Συριοπούλου Δέσποινα